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Exécution de GNU R sur le système d’exploitation Linux

GNU R peut être exécuté sur le système d’exploitation Linux de plusieurs façons. Dans cet article, nous allons décrire l’exécution de R à partir de la ligne de commande, dans une fenêtre d’application, en mode batch et à partir d’un script bash.

Vous verrez que ces différentes options pour exécuter R sous Linux conviendront à une tâche spécifique. Certains d’entre eux sont plus adaptés à une analyse statistique simple qui peut être effectuée sur une seule ligne de code, d’autres à des programmes plus sophistiqués qui nécessitent l’exécution d’un plus grand nombre d’expressions R.

Enfin, nous pouvons vouloir exécuter un programme qui prendra un jour ou deux pour s’exécuter sur un cluster Linux. Dans ce cas, nous exécuterons R en arrière-plan, ce qui nous permet de nous déconnecter du cluster.

Dans ce tutoriel, vous allez apprendre :

  • Comment installer R sur les principales distributions Linux
  • Comment exécuter R à partir de la ligne de commande Linux
  • Comment exécuter R dans une fenêtre d’application
  • Comment exécuter R en mode batch
  • Comment exécuter R à partir d’un script Linux Bash

Comment installer R sur les principales distributions Linux

Vous pouvez utiliser la commande appropriée ci-dessous pour installer GNU R avec le gestionnaire de paquets de votre système.

Pour installer GNU R sur Ubuntu, Debian et Linux Mint :


sudo apt install r-cran-littler

Pour installer GNU R sur Fedora, CentOS, AlmaLinux et Red Hat :


sudo dnf install R

Pour installer GNU R sur Arch Linux et Manjaro :


sudo pacman -S r

Exécution de R à partir de la ligne de commande Linux

Probablement, la façon la plus simple d’exécuter R sous Linux est de l’exécuter à partir de la ligne de commande Linux. Simplement comme ceci :


R

À la suite de cette commande, une invite R sur laquelle vous pouvez entrer d’autres commandes apparaîtra. Voici à quoi cela ressemble :

Ce qui précède montre la version de R installée sur votre plate-forme Linux. Il fournit également quelques commandes, qui sont intégrées pour vous aider avec de l’aide. Nous n’entrerons pas dans les détails de ces commandes d’aide, car nous les traiterons dans des articles ultérieurs. Pour le moment, nous tenons à souligner que pour quitter R, il suffit de taper :


> q()

Cela nous donnera une option supplémentaire pour enregistrer l’image de l’espace de travail :


Save workspace image? [y/n/c]:

Cette façon de lancer R est plus adaptée aux analyses statistiques plus courtes, qui n’impliquent pas l’exécution d’un grand nombre de commandes R.

Exécution de R dans une fenêtre d’application sous Linux

Une veuve d’application pour R sous Linux est similaire à une interface utilisateur graphique utilisée sur d’autres plates-formes. Tapez ce qui suit pour lancer R dans la fenêtre d’une application :


R -g Tk &

La figure ci-dessous montre une telle fenêtre sous Linux.

Le menu de la fenêtre de l’application tk-R vous propose plusieurs options. Il s’agit de l’installation et du chargement de packages et de l’approvisionnement en code à partir de fichiers. Il comprend également quelques exemples de démo ainsi qu’un accès à l’aide de R. En gros, ce que nous pouvons voir sur la figure ci-dessus est la console R.

La fenêtre de l’application n’a pas de barre d’outils comme on le voit sur d’autres plates-formes. Cependant, la console R elle-même vous permet de taper des expressions (commandes), qui sont ensuite interprétées par le système R et la réponse est affichée à l’écran. La fenêtre de l’application est similaire à l’exécution de R dans une ligne de commande Linux.

De même, comme précédemment, nous n’exécuterions pas un grand nombre de commandes dans la veuve de l’application. Les deux façons suivantes d’exécuter R nous permettent des implémentations plus complexes.

Exécution de R en mode batch sous Linux

L’exécution de R en mode batch sous Linux permet d’exécuter un grand nombre de commandes en séquence et d’enregistrer les résultats dans un fichier. Créons maintenant notre première fonction dans R et enregistrons-la dans un fichier appelé r-example-function-1. R. Cette fonction chargera certaines données d’un fichier, puis appliquera une fonction exponentielle aux données et enregistrera la sortie dans le fichier correspondant.

  1. Dans la première étape, produisez la r-example-function-1. Fichier R comprenant :

    
r_example_function_1<-function()
{
data<-read.csv("gnu-r-example.csv",header=F)
expdata<-exp(data[,1])
write.csv(expdata,"output_gnu-r-example.csv")
}
r_example_function_1()

    Téléchargez-gnu-r-example.csv également dans votre répertoire de travail.

  2. Vous pouvez maintenant exécuter les commandes incluses dans le fichier r-example-function-1. R en mode bash comme suit :

    
R CMD BATCH r-example-function-1.R

    Cela produira un fichier de sortie appelé r-example-function-1. Rout et le fichier output_gnu-r-example.csv qui a été produit par la fonction r_example_function_1() définie dans r-example-function-1. R.

  3. Pour plus d’informations sur l’exécution de R à partir de la ligne de commande Linux, y compris les options disponibles, tapez :

    
R --help

Exécution de R à partir d’un script bash sous Linux

L’exécution de R à partir d’un script bash sous Linux implique l’écriture d’un script bash incluant des fonctions R, puis des appels à ces fonctions. Par exemple, créez un fichier appelé r-bash-example.sh comme indiqué ci-dessous.

  1. Tout d’abord, créez le r-bash-example.sh avec le contenu suivant :

    
#!/bin/bash

R --no-save <

  2. Maintenant, rendez ce fichier exécutable en

    
chmod +x r-bash-example.sh

  3. Pour exécuter la fonction R incluse dans ce type de fichier :

    
./r-bash-example.sh

  4. Notez qu’il est également possible d’exécuter un tel script en arrière-plan, par exemple sur un cluster Linux en :

    
nohup ./r-bash-example.sh &

    Cela vous permet de vous déconnecter du cluster et de laisser le programme en cours d’exécution. Notez que cela produira en plus un fichier de sortie R : nohup.out.

Réflexions finales

Cet article ne fait qu’effleurer la surface des possibilités d’exécuter R. Par exemple, R peut être intégré à d’autres langages de programmation tels que Java. De plus, les analyses obtenues par le logiciel R peuvent être intégrées dans une application web.

Série de tutoriels GNU R

Partie I : Tutoriels d’introduction à GNU R :

  1. Introduction à GNU R sur le système d’exploitation Linux
  2. Exécution de GNU R sur le système d’exploitation Linux
  3. Un tutoriel rapide sur GNU R pour les opérations de base, les fonctions et les structures de données
  4. Un tutoriel rapide sur GNU R pour les modèles statistiques et les graphiques
  5. Comment installer et utiliser des paquets dans GNU R
  6. Construire des paquets de base dans GNU R

Partie II : GNU R Langue :

  1. Vue d’ensemble du langage de programmation GNU R

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