Introduction à GNU R sur le système d’exploitation Linux

Introduction

Cet article traitera principalement de l’installation de R sous Linux, mais fournira également un exemple simple sur la façon d’utiliser R pour le traçage. Ceci est le premier article de la série d’articles R, alors abonnez-vous à notre flux RSS pour des mises à jour régulières. Tous ceux qui sont intéressés par l’utilisation de R pour leur travail ou qui sont simplement intéressés par ce logiciel sont invités à suivre cette série d’articles. L’objectif principal de ces articles est de fournir une référence rapide à R avec des exemples illustratifs.

Qu’est-ce que GNU R ?

R est un langage de programmation open source (progiciel) et un environnement utilisé principalement pour l’analyse de données statistiques. Il est sous licence GNU General Public License (GPL). R est un langage de programmation très intuitif. Vous pouvez faire beaucoup de choses en quelques lignes de code R, principalement parce qu’il y a un grand nombre de packages disponibles pour R, ce qui signifie un grand nombre de fonctions préprogrammées à utiliser. Vous pouvez obtenir des packages R via le Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Les points forts de R sont : la visualisation graphique de données telles que les tracés, l’analyse de données, l’ajustement de données statistiques.

Les faiblesses de R sont les suivantes : le stockage complexe de données structurées, l’interrogation de données, la gestion de grands ensembles de données, qui ne tiennent pas dans la mémoire de l’ordinateur.

Installation de GNU R sous Linux/Unix.

Système de gestion de paquets

Debian/Ubuntu/Mint

Sur Debian, comme les systèmes Linux tels que Debian, Ubuntu ou Linux Mint, vous pouvez installer R à partir de dépôts standard. Il s’agit d’une méthode privilégiée pour installer R sur votre système. La commande ci-dessous téléchargera et installera R avec tous ses prérequis :

sudo apt-get install r-base

Si vous n’avez pas la commande sudo disponible sur votre système, vous devez d’abord vous connecter en tant qu’utilisateur root, puis installer R avec :

apt-get install r-core

Redhat/Fedora/CentOS

De la même manière qu’avec les systèmes Linux de type Debian, vous pouvez installer R sur Redhat Linux et d’autres distributions de type Redhat en utilisant la commande yum. L’installation à l’aide de la commande yum est entièrement automatique lorsque la seule condition requise est l’activation du référentiel EPEL. La commande ci-dessous installera R avec tous ses prérequis :

sudo yum install R

Installation à partir du code source

Cette méthode d’installation de R sur votre système doit être choisie en dernier recours. Normalement, vous installez à partir du code source si vous avez des exigences d’environnement spécifiques, vous ne pouvez pas installer à partir de dépôts de paquets standard, vous n’avez pas les privilèges root pour installer de nouveaux logiciels sur le système ( Linux/Unix Cluster ) ou vous avez désespérément besoin de la dernière version R pour votre travail.

Afin d’installer R sur votre système, téléchargez d’abord le dernier code source de GNU R. Selon le numéro de version, vous vous retrouverez avec un seul fichier gzipé appelé R-2.15.2.tar.gz. Deuxièmement, vous devez le décompresser avec la commande tar :

tar xzf R-2.15.2.tar.gz

Sur la base de la version R, cela créera un nouveau répertoire. Dans notre cas, le nom du répertoire sera R-2.15.2. Naviguez jusqu’à ce répertoire et exécutez le script de pré-compilation « configure » :

cd R-2.15.2
./configure

Avec le script « configure », vous pouvez fournir différents drapeaux pour ajuster la compilation à votre environnement. Si vous n’avez pas d’exigences particulières, vous pouvez commencer la compilation avec :

make

Cela compilera R dans votre répertoire personnel à partir duquel vous pourrez également commencer à l’utiliser. L’étape suivante est facultative car elle nécessite des privilèges de superutilisateur. Si vous disposez de privilèges de superutilisateur, vous pouvez installer un nouveau logiciel sur le système avec :

make install

Exécution de GNU R sous Linux/Unix et exemple simple.

Pour les besoins de l’exemple simple ci-dessous, téléchargez le fichier gnu-r-example.csv et enregistrez-le dans votre répertoire de travail.

Courant R

Exécutons maintenant R sur votre plate-forme Linux/Unix. Tout d’abord, allez dans votre répertoire de travail à l’aide de la commande cd, puis tapez ce qui suit :

R

R version 2.15.1 (2012-06-22) -- "Roasted Marshmallows"
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
....

Cela exécutera R sur votre système d’exploitation Linux.

Exemple R simple

Donnons maintenant un exemple simple de R, qui comprend : premièrement, la récupération de données à partir d’un fichier séparé par des virgules et deuxièmement, le traçage de séries chronologiques et la production d’un histogramme.

Récupération de données à partir d’un fichier

Pour lire un fichier .csv dans R, nous utilisons la fonction read.csv. Par exemple

> data<-read.csv('example.csv', header=F)

Cette fonction lit les données numériques stockées dans le fichier gnu-r-example.csv et les attribue à la variable appelée « data ». Maintenant, les « données » sont une matrice à une colonne. Par conséquent, afin d’accéder aux valeurs de la première colonne de « données », nous écrivons data[,1].

Tracé

Pour tracer les valeurs stockées dans la variable « data[,1] », nous utilisons la fonction plot comme suit :

 > plot(data[,1],type='l')

L’option 'type' dans la fonction plot indique le type de graphique à dessiner. La méthode plot type='l' permet de s’assurer que l’on obtient un type de ligne de traçage (valeurs reliées par une ligne).

La figure ci-dessus affiche le résultat de la fonction de tracé ci-dessus. De plus, donnons un exemple d’affichage d’un histogramme correspondant à « data[,1] ». Celui-ci peut être obtenu de la manière suivante :

 > hist(data[,1])

Le résultat de cette fonction est illustré dans la figure ci-dessous.

Conclusion

En résumé, nous avons décrit comment obtenir et installer R sur la plate-forme Linux\Unix. Un exemple simple de fonctions read.csv et de tracé a également été fourni. Comme vous pouvez le constater, l’installation de R sous Linux ne nécessite qu’une commande d’une ligne, ce qui est extrêmement pratique. Cet article est le premier d’une série d’articles sur R. Si vous souhaitez continuer à en savoir plus sur R, veuillez vous abonner à notre flux RSS ou simplement visiter régulièrement linuxcareer.com

série de tutoriels GNU R :

Partie I : Tutoriels d’introduction à GNU R :

1. Introduction à GNU R sur le système d’exploitation Linux
2. Exécution de GNU R sur le système d’exploitation Linux
3. Un tutoriel rapide sur GNU R pour les opérations de base, les fonctions et les structures de données
4. Un tutoriel rapide sur GNU R pour les modèles statistiques et les graphiques
5. Comment installer et utiliser des paquets dans GNU R
6. Construire des paquets de base dans GNU R

Partie II : GNU R Langue :

1. Vue d’ensemble du langage de programmation GNU R