Comment installer la distribution Python Anaconda sur Ubuntu 16.04

Vous n'utilisez pas Ubuntu 16.04 ? Choisissez une version ou une distribution différente.

Introduction

Anaconda est un gestionnaire de paquets open-source, un gestionnaire d'environnements et une distribution des langages de programmation Python et R. Il est couramment utilisé pour le traitement de données à grande échelle, le calcul scientifique et l'analyse prédictive, servant les data scientists, les développeurs, les analystes commerciaux et ceux travaillant dans DevOps.

Anaconda propose une collection de plus de 720 paquets open-source, et est disponible en versions gratuite et payante. La distribution Anaconda est livrée avec l'utilitaire en ligne de commande conda. Vous pouvez en savoir plus sur Anaconda et conda en lisant les pages de documentation d'Anaconda.

Ce tutoriel vous guidera à travers l'installation de la version Python 3 d'Anaconda sur un serveur Ubuntu 16.04.

Conditions préalables

Avant de commencer avec ce guide, vous devez avoir un utilisateur non-root avec des privilèges sudo configuré sur votre serveur. Vous pouvez apprendre comment faire cela en suivant notre guide de configuration initiale du serveur Ubuntu 16.04.

Installer Anaconda

La meilleure façon d'installer Anaconda est de télécharger le dernier script d'installation bash d'Anaconda, de le vérifier, puis de l'exécuter.

Trouvez la dernière version d'Anaconda pour Python 3 sur la page de téléchargement d'Anaconda. Au moment de la rédaction, la dernière version est 5.0.1, mais vous devriez utiliser une version stable plus récente si elle est disponible.

Ensuite, changez pour le répertoire /tmp de votre serveur. C'est un bon répertoire pour télécharger des éléments éphémères, comme le script bash d'Anaconda, dont nous n'aurons plus besoin après l'avoir exécuté.

cd /tmp

Utilisez curl pour télécharger le lien que vous avez copié depuis le site Web d'Anaconda :

curl -O https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh

Nous pouvons maintenant vérifier l'intégrité des données de l'installateur avec une vérification par hachage cryptographique via le checksum SHA-256. Nous utiliserons la commande sha256sum accompagnée du nom de fichier du script:

sha256sum Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh

Vous recevrez un résultat qui ressemble à ceci :

55e4db1919f49c92d5abbf27a4be5986ae157f074bf9f8238963cd4582a4068a  Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh

Vous devez vérifier la sortie par rapport aux hachages disponibles sur la page Anaconda avec Python 3 sur Linux 64 bits pour votre version d'Anaconda appropriée. Tant que votre sortie correspond au hachage affiché dans la ligne sha2561, alors vous êtes prêt à continuer.

Maintenant, nous pouvons exécuter le script :

bash Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh

Vous recevrez la sortie suivante :

Welcome to Anaconda3 5.0.1 (by Continuum Analytics, Inc.)

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue

Appuyez sur ENTRÉE pour continuer puis appuyez sur ENTRÉE pour lire le contrat de licence. Une fois que vous avez terminé de lire le contrat de licence, vous serez invité à approuver les conditions de la licence :

Do you approve the license terms? [yes|no]

Tant que vous êtes d'accord, tapez oui.

À ce stade, vous serez invité à choisir l'emplacement de l'installation. Vous pouvez appuyer sur ENTRÉE pour accepter l'emplacement par défaut, ou spécifier un emplacement différent pour le modifier.

Anaconda3 will now be installed into this location:
/home/sammy/anaconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/home/sammy/anaconda3] >>> 

Le processus d'installation va continuer, cela peut prendre un certain temps.

Une fois que c'est terminé, vous recevrez le résultat suivant :

...
installation finished.
Do you wish the installer to prepend the Anaconda3 install location
to PATH in your /home/sammy/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> 

Tapez oui afin de pouvoir utiliser la commande conda. Vous verrez ensuite la sortie suivante :

Prepending PATH=/home/sammy/anaconda3/bin to PATH in /home/sammy/.bashrc
A backup will be made to: /home/sammy/.bashrc-anaconda3.bak
...

Pour activer l'installation, vous devez dessiner le fichier ~/.bashrc :

source ~/.bashrc

Une fois que vous avez fait cela, vous pouvez vérifier votre installation en utilisant la commande conda, par exemple avec list :

conda list

Vous recevrez la sortie de tous les paquets que vous avez disponibles grâce à l'installation d'Anaconda :

packages in environment at /home/sammy/anaconda3:
#
_ipyw_jlab_nb_ext_conf    0.1.0            py36he11e457_0  
alabaster                 0.7.10           py36h306e16b_0  
anaconda                  5.0.1            py36hd30a520_1
...

Maintenant qu'Anaconda est installé, nous pouvons passer à la configuration des environnements Anaconda.

Configurer des environnements Anaconda

Les environnements virtuels Anaconda vous permettent de garder vos projets organisés par versions de Python et les packages nécessaires. Pour chaque environnement Anaconda que vous configurez, vous pouvez spécifier quelle version de Python utiliser et garder tous vos fichiers de programmation connexes ensemble dans ce répertoire.

Tout d'abord, nous pouvons vérifier quelles versions de Python sont disponibles pour nous :

conda search "^python$"

Vous recevrez une sortie avec les différentes versions de Python que vous pouvez cibler, y compris les versions Python 3 et Python 2. Comme nous utilisons Anaconda avec Python 3 dans ce tutoriel, vous n'aurez accès qu'aux versions Python 3 des packages.

Créons un environnement en utilisant la version la plus récente de Python 3. Nous pouvons y parvenir en assignant la version 3 à l'argument python. Nous appellerons l'environnement my_env, mais vous voudrez probablement utiliser un nom plus descriptif pour votre environnement, surtout si vous utilisez des environnements pour accéder à plus d'une version de Python.

conda create --name my_env python=3

Nous recevrons une sortie avec des informations sur ce qui est téléchargé et quels paquets seront installés, puis nous serons invités à procéder avec y ou n. Tant que vous êtes d'accord, tapez y.

L'utilitaire conda va maintenant récupérer les paquets pour l'environnement et vous informera lorsque ce sera terminé.

Vous pouvez activer votre nouvel environnement en tapant ce qui suit :

source activate my_env

Avec votre environnement activé, le préfixe de votre invite de commande changera :

Dans l'environnement, vous pouvez vérifier que vous utilisez la version de Python que vous aviez l'intention d'utiliser :

 python --version

Python 3.6.0 :: Continuum Analytics, Inc.

Lorsque vous êtes prêt à désactiver votre environnement Anaconda, vous pouvez le faire en tapant :

source deactivate

Notez que vous pouvez remplacer le mot source par . pour obtenir les mêmes résultats.

Pour cibler une version plus spécifique de Python, vous pouvez passer une version spécifique à l'argument python, comme 3.5, par exemple :

conda create -n my_env35 python=3.5

Vous pouvez mettre à jour votre version de Python dans la même branche (comme passer de Python 3.5.1 à Python 3.5.2) au sein d'un environnement respectif avec la commande suivante :

conda update python

Si vous souhaitez cibler une version plus spécifique de Python, vous pouvez le passer à l'argument python, comme dans python=3.3.2.

Vous pouvez inspecter tous les environnements que vous avez configurés avec cette commande :

conda info --envs

conda environments:
#
my_env                   /home/sammy/anaconda3/envs/my_env
my_env35                 /home/sammy/anaconda3/envs/my_env35
root                  *  /home/sammy/anaconda3

L'astérisque indique l'environnement actif actuel.

Chaque environnement que vous créez avec conda create sera livré avec plusieurs packages par défaut :

openssl

pip

python

readline

setuptools

sqlite

tk

wheel

xz

zlib

Vous pouvez ajouter des packages supplémentaires, comme numpy par exemple, avec la commande suivante :

conda install --name my_env35 numpy

Si vous savez que vous souhaitez un environnement numpy lors de la création, vous pouvez le cibler dans votre commande conda create :

conda create --name my_env python=3 numpy

Si vous ne travaillez plus sur un projet spécifique et que vous n'avez plus besoin de l'environnement associé, vous pouvez le supprimer. Pour ce faire, tapez ce qui suit :

conda remove --name my_env35 --all

Maintenant, lorsque vous tapez la commande conda info --envs, l'environnement que vous avez supprimé ne sera plus listé.

Mettre à jour Anaconda

Vous devriez régulièrement vous assurer qu'Anaconda est à jour afin de travailler avec toutes les dernières versions des packages.

Pour ce faire, vous devez d'abord mettre à jour l'utilitaire conda :

conda update conda

Lorsque vous y êtes invité, tapez y pour procéder à la mise à jour.

Une fois la mise à jour de conda terminée, vous pouvez mettre à jour la distribution Anaconda :

conda update anaconda

Encore une fois, lorsque vous y êtes invité, tapez y pour continuer.

Cela garantira que vous utilisez les dernières versions de conda et d'Anaconda.

Désinstaller Anaconda

Si vous n'utilisez plus Anaconda et que vous devez le désinstaller, vous devriez commencer par le module anaconda-clean qui supprimera les fichiers de configuration lors de la désinstallation d'Anaconda.

conda install anaconda-clean

Tapez y lorsque vous y serez invité.

Une fois installé, vous pouvez exécuter la commande suivante. Vous serez invité à répondre y avant de supprimer chacun d'eux. Si vous préférez ne pas être invité, ajoutez --yes à la fin de votre commande :

anaconda-clean

Cela créera également un dossier de sauvegarde appelé .anaconda_backup dans votre répertoire personnel :

Backup directory: /home/sammy/.anaconda_backup/2017-01-25T191831

Vous pouvez maintenant supprimer votre répertoire Anaconda entier en entrant la commande suivante :

rm -rf ~/anaconda3

Enfin, vous pouvez supprimer la ligne PATH de votre fichier .bashrc que Anaconda a ajoutée. Pour ce faire, ouvrez d'abord nano :

nano ~/.bashrc

Ensuite, faites défiler jusqu'à la fin du fichier (si c'est une installation récente) ou tapez CTRL + W pour rechercher Anaconda. Supprimez ou commentez les lignes suivantes :

added by Anaconda3 4.2.0 installer
export PATH="/home/sammy/anaconda3/bin:$PATH"

Lorsque vous avez terminé de modifier le fichier, tapez CTRL + X pour quitter et y pour enregistrer les modifications.

Anaconda est maintenant supprimé de votre serveur.

Conclusion

Ce tutoriel vous a guidé à travers l'installation d'Anaconda, l'utilisation de l'utilitaire en ligne de commande conda, la configuration des environnements, la mise à jour d'Anaconda et la suppression d'Anaconda si vous n'en avez plus besoin.

Vous pouvez utiliser Anaconda pour vous aider à gérer des charges de travail pour la science des données, le calcul scientifique, l'analyse et le traitement de grandes quantités de données.